Es importante destacar que el Consejo Directivo del IMJ, será un organismo que apoye al Instituto en su dirección, mediante la toma de decisiones.

Este Consejo se integra con las regidoras Jocabeth Betanzos, Irasema Aquino González, Deyanira Altamirano, Adriana Morales, así como con el Síndico Hacendario, Jorge Castro Campos, el Contralor Interno Francisco Carrera Sedano, Andrea Cisneros Canseco y Fernanda Paola García López.